沼气脱硫剂在使用过程中，其床层内硫的轴向可分为3个区域。如原料气从上部进入，则上层为饱和区，随着反应的不断进行，区内生成的硫化物量逐渐增加，而反应逐渐减慢，饱和区高度随着脱硫时间增长而增加。中层为传质区(主要反应区)该反应相当迅速，直至达到平衡浓度。下层为清洁区，也就是没有与H2S反应过的新鲜氧化铁脱硫层。随着脱硫时间的增长，整个轴向分布逐步向下移动，直至清洁区消失，出气口泄硫，当出气口硫化氢含量大于工艺指标时，即为穿透。影响脱硫反应的主要因素除沼气脱硫剂本身性质外还有以下一些因素：
        (1)煤气中其它杂质：煤气中的焦油、萘、灰尘等杂质，会使沼气脱硫剂结成硬块，导致箱内阻力升高，脱硫效率下降，沼气脱硫剂使用寿命降低。煤气中的含氨量过多或过少时，均将使沼气脱硫剂处于酸性状态，引起脱硫效率下降。
        (2)温度
        温度对脱硫效率影响很大，温度过高(40℃一50℃)，将使氧化速度大大加快，相对降低了硫化氢的反应速度，还会使Fe2S3•H2O失去所带水分而成为不带水Fe2S3；在氧化时将产生硫酸盐，从而使沼气脱硫剂呈酸性。温度过低时，将大大降低沼气脱硫剂与硫化氢的反应速度，煤气中的水分也因温度过多而冷凝下来，使脱硫效率下降。
        (3)水分
        适量的水分在沼气脱硫剂中的作用有：
        1) 能保持硫化氢与氧化铁足够的接触时间
        2) 是免除沼气脱硫剂结块的因素之一
        3) 能溶解一部分在净化过程中所产生的盐类，这些盐类大部分包裹在氧化铁的表面，影响脱硫效果。
       （4）含氧量
        煤气在进入脱硫箱前必须含有一定量的氧气，使箱内硫化铁得以再生至一定程度，有利于延长脱硫剂的使用周期。但若含氧量过高能加速对铁板的腐蚀和生成煤气胶；过低时不利于沼气脱硫剂再生。
       （5）pH值(酸碱度)
        因为碱度对沼气脱硫剂有稳定的作用，在碱性适合的情况下Fe2S3•H2O能很好的氧化成为Fe203•H20，是优良的脱硫原料，在碱性环境下能加速氧化铁和硫化氢之间的反应速度。
       （6）煤气在箱内的流向对脱硫效率的影响
        煤气在箱内的流向，可分为向上流、向下流两种。向上流阻力上升得快，煤气须经过栅格而进入底层脱硫剂，造成底层析硫严重，所以阻力升高快。如果焦油脱除效果差，则底层沼气脱硫剂迅速被粘住堵塞，影响脱硫效率。向下流阻力上升慢，但在阻力突然升高后，只需更换上层脱硫剂即可。